日军第16师团，代号恒，于年7月18日以后备役部队在京都编成，其司令部设于京都，官兵主要来自京都、三重县和奈良县，故又称为“京都师团”，同年成立之后随即由京都开赴往满洲战场参加了日俄战争。
同年年9月5日，日军军事行动取得重大进展，俄太平洋舰队，包括旅顺守军几乎全军覆没，日本得以占领整个辽宁半岛，日俄战争可以说是日本的立国之战，崛起之战，日本有了日俄战争的胜利，才有后来全面侵华战争所占领的天时地利，日本可以依靠旅顺港向中国大量增兵和运输补给。
而该港也于年才正式的所有主权才正式回归中国，因为在年二战结束之后蒋介石外交一阵神操作，居然把港口继续租借给了苏联人又称中华民国《中苏友好同盟条约》可以见得该旅顺港口有着得天独厚的战略经济价值和军事价值，直接扼守着东北的北海的北大门。
而日军第16师团，又称京都师团，在日俄战争之中，可以说屡建奇，组建之时，时逢日本国运强盛之时，开始对外全面扩张，因此该师团整体上，属于走在日本侵略战争前列，可以说是除日军近卫师团中的，第二支日本京都精锐师团，在日本国内有着极强的声誉，素有战车前轮的称呼。
有了之前的一些荣誉，第十六师团又以京都师团名号位列于日军17个甲级常设师序列之中，所以该师可以说全部兵员都武装到牙齿装备极其精锐，凡是入伍的青年全部也都是经过了日本军国主义洗脑才能进入该部队中服役，所以该师能在后来战争中犯下如此严重的战争罪也就实属是必然了，因为都是一些经过洗脑的亡命之徒。
卢沟桥事变爆发后，日本开始了全面侵华战争。为此，日本进行了战争动员，开始大量征兵，作为甲等师团的第十六师团也由平时的人扩充到战时的约人。年9月，第十六师团在天津塘沽港登陆，编入日军华北方面军第二军战斗序列。
一入中国守军防线，最先与之交手的就是东北军万福麟指挥的第53军，记住该军番号，东北军第53军，该军总体上是可以说是代表着当时的东北军最强精锐之一的，东北军也不像外面所说那样，由于是他们的不抵抗而导致是整个华北的沦陷，这实属谬论。
激战的前三天，万福麟指挥的第53军，可以说是与日军展开势均力敌的血战，他们面对着武装到牙齿的日军甲级第16师团可是一点没怂，在人数方面，东北军第53军麾下只有兵力组成也不过余人而已，基本与日军第16师团相当，这是当时国军一个军打死充胖子的才能凑齐的人数，人手有一把枪还不一定有。
被日军第16军最终击溃并非是毫无血气，而是装备不如人，子弹打光了只能举着大刀片子往前冲而已，最终由于伤亡太大而被迫撤退而已，于孤军游击于太行山区，直到民国28年（年）2月，才回归休整，之后又参加豫北、豫东的等地的对日作战，年6月，武汉会战开始，该军又是面对日军精锐，固守于一线继续敌军展开作战，给予日军多个师团严重重创，是一支能打硬战是精锐之时。
万福麟上将，虽然历史对他的评价，在政治方面表现极度一般不善管理民事，但作为一名行军打仗的将军指挥官基本是合格的，虽说后来跟蒋介石去台湾了。
但其子万国权后来也成为了年7月当选了中国第六届中国和平统一促进会会长，民主建国会第四、五届中央委员会执行局主任，民建第七届中央委员会名誉副主席，在中国民生经济方面，工商方面做出了他默默的贡献。
日军第16师团首战告捷，整个京都关于第16师团攻破中国守军战报几乎是满天飞，该师突破东北军第53军的防线之后，如入无人之镜。
华北战役宣告结束日本大本营开始制定了下一步攻占中国上海的计划，年10月底，日军第十六师团被编入上海派遣军战斗序列，由华北调往上海，当时该师团麾下编制组成其重要参战指挥官名单如下。
此时的日本第十六师团，以中岛今朝吾中将为师团长，中泽三夫大佐为参谋长，下辖：
步兵第十九旅团，旅团长为草场辰已少将（辖步兵第九联队，联队长为片桐护郎大佐、步兵第二十联队，联队长为大野宣明大佐）；
步兵第三十旅团，旅团长为佐佐木到一少将（辖步兵第三十三联队，联队长为野田谦吾大佐、步兵第三十八联队，联队长为助川静二大佐。）
骑兵第二十联队，联队长为笠井敏松中佐
野炮兵第二十二联队，联队长为三国直福大佐
工兵第十六联队，联队长为今中武义大佐
辎重兵第十六联队，联队长为柄泽畔夫中佐
通信队卫生队：第1至第4医院。
满编人数与之前有所缩减，兵力组成人左右。
抵达上海之时，还没有正式与中国几个精锐德械师交手，中国上海守军苦战两个多月，所谓德械师精锐也已经被日军其它部队的轮番攻势早已磨损殆尽了。
最要命的是由于杭州湾的失守，中国守军也被迫于年11月初开始正式全线撤退，日军第16师团兵强马壮，一登陆刚好捡漏，直接追击了中国守军撤退的正后方，而导致国军原本的有序撤退，变成了全线溃败，这与国军高层的指挥失当有着不可推卸的责任，有人说日军的打法还停留在一战时期，那么国军体系指挥下的部队，恐怕打法还停留在清朝时期，纵使有百个德械师也无济于事，法国战役就是最好证明，在德国装甲师分割切断下，号称欧洲第一军事强国的法国也是一个月内宣布投降，一百八十万法军部队沦为俘虏，上百万法国家庭的女人在一个月之间沦为了活寡妇。
国军严重低估了当时日军半摩托化机械军团推进和追击速度，导致国军刚刚溃败到了南京，日军第16师团就尾随而至，当时是什么情况呢？日军第16师团两万余人的部队，居然直接追着国军三十几万溃军在身后斩杀，到处出击，这仗打如此地步，蒋介石还奢望说，四行仓库那名由农民组成敢死部队，能在上海租界边界赢得国际上名声。这才有后来争议极大的四行仓库战斗事迹传出。
四行的仓库战斗伟大之处，在于后来这名孤军退入租界后，每天照常升国旗款，依旧不畏强敌的抗争着，从中体现了中华民族男儿至死不降的骨气，而不是如电影中演绎那样，不知所云战斗，和而不知所云的撤退，他们这名孤军值得纪念吗？值得，一万个值得，但从中表现出意义则是极度悲屈的背景下产生的。
而第16师团看到中国军队就如同待宰般的羔羊，毫无抵抗的能力，于是从常州开始一路南下几乎杀红了眼，其中军队之中，还有两名日军低级少尉军官，办起白人斩，杀人比赛，规则很简单，就比杀入南京之后，谁杀得人更多，谁就能获得打赌的一瓶香槟奖励，对获胜者可以得到一瓶香槟。
这名日军白人斩的军官，分别是日军第16师团第9联队，第三大队炮兵少尉小队长，井敏明。
日军第16师团第9联队第三大队，步兵小队长少尉军官野田毅，一个杀一个百敌人，就他们两个？不不，杀人比赛规矩是这样定，无论军民无论战俘与否，皆有算数，这就是“赤裸裸地屠杀”。
而这种屠杀行径，居然被日本的报纸大为报道，不知道的日本民众还以为天降战神，居然不拿枪拿刀居然还能斩杀个敌军，如此厉害和如此强悍，日本军国主义就是想通过这样的报道来鼓舞士气，宣扬他们军国主义，多少日本青年由于日本军方丧失人性歪曲报道，而误入歧途参军的可能也不在少数。
而就是日本这张报纸成为了后来日本放下了战争罪铁证，终于也让人知道，原来在战争的角落中，还存在着如此泯灭人性的荒唐事，当时日本报道时，照片上这两名低级的日本军官已经斩杀个无辜民众，一个宣传战绩个人，一个宣称战绩个人。
二战结束后，二人偷偷浑水摸鱼，跑回去了日本，但后来中国通过严肃外交手段，最终将这两名日本战犯移交国际军事法庭审判，有人说为什么还要审判，还是以国际上最高法院，最高规格进行审判，就是为了警醒后人，不忘国耻，铭记战争一旦会发生的后果，让世界人民珍惜和平，因为战争一旦开打，一切人性上光辉就会被屠刀和血渍所掩盖，恶魔就会降临人间。
因为当时这两名低级军官的军阶，正常情况下是不配上国际军事法庭，但他们犯下罪孽确实必须得上。上完之后，应中国当时的政府的要求国际军事法庭随即将两个人转交给中国，交给中国处理，最终判定，这两个战犯的枪毙地点，一定要的选在南京雨花台，才能告慰亡灵。
枪毙之时昔日身穿军装的他们两个人，不在有当年的意气风发，反而吓得手中颤抖，当时南京民众不禁感叹到，禽兽不如的人居然也还害怕也会手抖，也会知道濒临死亡时是何等的害怕和绝望。
这两个人就是当时日本军国主义旗下畸形产物，直到至今日本政府依然不敢公开承认历史战争最的诸多事实，为什么不敢承认，因为承认之后，日本如今的后代青年作何感想，原来祖辈皆为恶魔下的畸形傀儡的后代，那么承认事实的代价必将巨大的，几乎让半个日本的民众青年感到绝望和膈应，原来宫崎骏漫画之下的恶魔正是自己祖辈？
行刑当时的照片
日军第16师团也于年太平洋战役开打之后，远赴菲律宾参加战役，后来就一直驻扎东南亚诸国，在南亚诸岛之上来回调度，年美军发动反攻菲律宾战役，日军第16师团几乎被美国海军陆战队，全歼于菲律宾岛上，简直日本投降之时，该师生还者只剩下个人，战后对该师犯下的战争罪，进行过深刻的研究，其主要战犯只要没有战死或者自杀皆移交军事法庭进行审判，但那人中大多数也皆为新兵，那些参加过入侵中国日军前期精锐人员，要么调走要么都已经战死了。